天启元年春，努尔哈赤率后金军攻占沈阳、辽阳，并企图夺占辽西和山海关。明廷面对后金的凌厉攻势，束手无策。袁崇焕则认为：若保关内,必守关外；若保关外，必守宁远。他的主张,得到前往山海关视察的明朝兵部尚书孙承宗的支持。
不久，明廷任用孙承宗取代王在晋。三年九月，孙承宗命袁崇焕与副总兵满桂领兵万余驻防宁远。袁崇焕抓紧筑城，使宁远成为关外军事重镇。五年夏，孙承宗采纳袁崇焕的建议，派兵据守锦州、右屯及大凌河堡等地，修缮城廓，使宁远有了屏障。
努尔哈赤乘明军易帅和匆忙撤军之机，于六年正月初，率军约6万西渡辽河,直趋宁远。袁崇焕决定采取坚壁清野之策，组织军民共同守城。他在将士面前刺血为书，以表守城决心。他在城上配置西洋大炮11门，在城内查缉□细，同时通告邻近各地，凡见到从宁远逃跑的将士立即斩首，很快稳定了军心和民心。二十三日，后金军包围宁远，劝降遭到拒绝。次日，后金军攻城，宁远军民依托坚城，浴血奋战。袁崇焕负伤，仍坚持指挥战斗，发射西洋大炮，给后金军以重大杀伤。后金军以盾牌和板车掩护,凿挖城墙,被守城军民用火团烧走。在宁远处于危急时刻，辽东经略高第和总兵杨麒却拥兵山海关不救。二十五日，后金军继续攻城，又遭到守城军民英勇抗击。精于骑射的八旗兵，在深沟高垒面前，矢石炮火之下，难以发挥特长，伤亡甚众，被迫撤军。努尔哈赤因此役失败，抑郁疽发，于八月十一逝世。
此战，明军杀伤后金军1.7万人,挫败了努尔哈赤夺占辽西和山海关的企图，是明朝对后金作战的一次重大胜利 在皇太极对朝鲜用兵之时，袁崇焕加紧修筑防御工事，另派赵率教、朱梅等将领进兵三岔河，牵制清军，作朝鲜的声援。但朝鲜不久就和满清订了城下之盟，赵率教等领兵而回，并未和清军接触。皇太极无法和明朝达成和议，却见袁崇焕修筑城堡的工作进行得十分积极，时间越久，今后进攻会更加困难，于是决定“以战求和”，对宁远发动攻击。
天启七年五月，皇太极亲率两黄旗、两白旗精兵，攻陷明方大凌河、小凌河两个要塞，随即进攻宁远的外围要塞锦州。 这时守锦州的是赵率教，他和监军太监纪用守城，派人去与皇太极议和，那自是缓兵之计，以待救兵。皇太极不中计，攻城愈急。
袁崇焕派遣祖大寿和尤世禄带了四千精兵，绕到清军后路去包抄，又派水师去攻东路作为牵制。这时天热，海上不结冰，水师用得着了 。赵率教感恩图报，又得袁崇焕时时勉以忠义，他和前锋总兵左辅、副总兵朱梅等率兵奋勇死战，和皇太极部下的精兵大战三场，胜了三场，小战二十五场，也是每战都胜。赵率教转怯为勇，自见敌潜逃到拚死守城，自畏缩不前到激战二十四日，到后来更在保卫北京之役中血战阵亡，终于在历史上与满桂齐名，成为当时的两大良将。他这个重大转变，非常突出的证明了袁崇焕的领导才能。
清军上次在宁远吃过败仗，兵将心中对袁崇焕都是很忌惮的。皇太极对诸将说：“先汗攻宁远不克，这次我攻锦州又不克，若再攻不下宁远，我可要声名扫地了。”于是下令总攻，击破城下明军骑兵，直薄城壁。比之第一次宁远之战，袁崇焕部的战斗力已有增强，敢于到城外决战了。上次要清军退后，才派五十名敢死队缒到城下拾箭枝，可见不敢开城门。袁崇焕亲上城头督战，大声呼叫。满桂战于城外。祖大寿、尤世禄回师攻击清兵后路。双方死伤均重，满桂身中数箭。明军野战终于打不过清军，于是退入城中据守。这场大战打得十分惨烈，城壕中填满了两方军士的死尸。
守军又以葡萄牙大炮轰击，击碎清方大营帐一座及皇太极的白龙旗，杀伤清兵不少。皇太极见部队损失重大，只得退兵。这一役明朝称为“宁锦大捷”，是明军对清军第二次血战胜利。
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