尽管海战惨败，日军大本营仍不改决心，重兵增援莱特岛。适逢菲律宾正是台风季节，连下40日暴雨（860毫米雨量），尽管美军在岛上已夺取5个机场，仍由于山洪暴发和泥浆遍地而无法使用。日军趁机将第1、26师团和第68旅团等部通过南部的奥莫克湾送上莱特岛。这个第68旅团并非等闲之辈，而是关东军以陆军公主岭学校教导队为基干编成的精锐部队（服部卓四郎：《大东亚战争全史》，商务印书馆第3卷，1277页），堪称精锐中的精锐。经增援，岛上日军已达7万人。但到了11月中旬天气略有好转，美军破译日军密码，获悉日军有一支运输船队从马尼拉驶向奥莫克湾。11月11日拂晓，载运日军第35军直属部队和第26师团一部共1万人的5艘运输船遭美军347架飞机的袭击，炸沉全部运输船和4艘驱逐舰，日军1万人几乎全部淹死，军用物资也全部损失。莱特岛上的日军在海上运输线被切断的情况下，尽管顽强奋战，特别是第1师团第57联队在利蒙附近高地50天的战斗中重创美军第1骑兵师和第24师（我们在朝鲜战争中很熟悉美军这两支部队），以致美军称为“断颈岭”，但日军弹尽粮绝下终于崩溃，第57联队仅余200多人。第1师团是日军中最老的师团之一，号称精锐的“玉”师团，共有1。5万人登陆莱特岛，生还者仅743人。1945年1月中旬，莱特岛战役结束，岛上日军死亡6。8万，美军仅死亡3500人（总伤亡1。2万人），只有日军1／20。日军在莱特岛上的第35军所属的第1、16、26师团和第68旅团全军覆没，这是太平洋战争以来日军第一次在一场岛屿战中就被歼灭3个师团兵力。日本首相小矶国昭曾宣称“莱特岛之战是日美战争中的天王山”（天正十年，军阀羽柴秀吉和明智光秀在山崎交战，占领天王山为胜败关键）。至战败后，小矶故作镇静，又宣称“天王山之战已由莱特岛向吕宋岛转移”。日本民众因此嘲笑说：“听说没有败，只是天王山移动了”。一时传为笑柄。
1945年1月9日，美军第6集团军19万人登陆吕宋岛仁牙因湾，掩护舰艇达850艘。由于日军顽强抵抗，美军进展缓慢。麦克阿瑟于1月底将第8集团军投入战斗，并投入第11空降师断敌后路，很快就将掩护仁牙因湾至马尼拉的日军第19、23、103师团、第2坦克师团和第58旅团等部击溃，于2月4日冲入马尼拉。防守马尼拉的是日本海军人员约2万人，经一个月巷战全部被击毙。日军主力退入山地丛林，病死饿死者超过战死者10倍以上。据幸存的日军回忆，当时患上登革热、烂脚病的人，就等于被宣判了死刑。“回归热”更是热带丛棘中最可怕的一种疾病。患者周期性地持续高烧，初次发烧一般七天，又歇七天；然后第二次发烧五六天，又间歇五六天；再第三次发烧……周而复始，将人折磨得死去活来，同时间歇时间越来越短，发烧越来越频繁，故名“回归热”。不知有多少日军被“回归热”反复折磨，熬干气血，在已无人形时悲惨地死去。饥饿，是更大的敌人。渗入丛林的数十万日军官兵，成为与丛林中的动物竞食的一股可怕力量。他们似一群大蝗虫，所过之处，树皮、草根皆遭殃，飞禽走兽纷纷落荒而逃。日军甚至还自相残杀，吃掉战友的尸体！据士兵荻原长一回忆，他曾来到某个岩洞，受到3个军士的 “款待”，给他吃了一种味道独特的熏肉。获原等人狼吞虎咽地吃完那些熏肉后，好奇地询问这是什么肉。那个伍长淡淡地说：“我们在同类相食呢！”曹长补充道：“把不能行走但还有一口气的战友的躯体就那么扔在那里，让蛆虫、野兽暴食，怪可惜的……所以我们自己享用了！”荻原一行听罢，不禁翻肠倒肚。后来才知道，被这几个人吃掉的，并不是他们所说的与他们素不相识的海军人员，而是与他们同一分队的朝夕相处的战友，而且都是同乡。在一个已经塌顶的小窝棚里，还横陈着5具士兵的尸体。尸体的大腿肉已被剔去，仅剩下白森森的股骨和肱骨。窝棚不远处，有四个士兵围坐在篝火旁烤食着人肉。一名少尉带领一个分队路过这里时，这四个士兵加入了这支队伍。几天后，这四个士兵杀掉了熟睡中的少尉，除骨头外，包括脚掌底下的皮都吃得干干净净（以上见《骷髅的证词：52万大军化作白骨》）。这就是日军在菲律宾失败的惨状。
如前所述，据《日本陆海军事典》统计，日军在菲律宾就战死陆军36。87万人，海军11。79万人，合计48。66万人。加上军属，共计死亡51。8万人（而据大冈升平所著的《莱特战记》称，日军在菲律宾的战斗人员死亡总计达55万人，非战斗人员死亡4万人）。
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