城门被关闭，又不愿开炮炸开城墙，徐锡麟和他的同志们困在弹丸之地的安庆城内，只有死路一条。
不久，清军缉捕营、巡防营队伍赶到，包围了军械所。光复军利用军械所的坚固围墙，有的爬上屋顶，朝着清兵射击。
晚清的军队在这时也算进行了一场实战，战斗力的检验结果是：伤亡100多人，不敢上前。藩司冯煦闻报，立即派道员黄润九、邑令劳之琦前往督阵，清军仍迟迟不动。清政府见久攻军械所不下，开始悬赏重金捉拿徐锡麟。开始3000元，即刻增加至7000元，后来高达1万元，清军才开始进攻。双方相持战斗近5个小时。陈伯平不幸牺牲。接着，敌人破门而入，只见徐锡麟军帽、戎装丢在地上，不见人影。冯煦再次出示加赏，并严令四处搜捕。
下午4点，势孤力单、被围困在安庆城内的徐锡麟、马宗汉和学生等相继被捕。
这就是民国创立之前那场著名的“安庆起义”，从发动到失败，历时7个小时，最具震撼力的功绩，是击毙了清朝地方大员、安徽省巡抚恩铭。
被捕的徐锡麟开始接受审讯。主审的藩司冯煦和臬司毓秀喝令徐锡麟下跪，徐锡麟淡淡一笑，盘腿坐在地上。看着这个一派斯文、表情轻松的乱党，审讯者面面相嘘，一时无从措辞。
冯煦问道：“恩铭巡抚待你不错，是你的恩师，你怎的这么没有心肝？”
这是他们心中最大的疑惑，深受恩铭赏识、前途无量的徐锡麟何以恩将仇报、不可理喻地要恩铭的命？
徐锡麟回答：“他待我是很仁厚，可这是‘私惠’；我杀他，这是天下的‘公愤’──我倒要问你：恩铭究竟死了没有？”
臬司毓朗抢答：“大人只受了点儿轻伤，经医师诊治，已经痊愈，明天就亲自来审你了！”
徐锡麟听后，如挨当头一棒，登时颓丧不已；未料毓朗这个蠢货又补了两句：“你知罪了吗？明天就要剖你的心肝了！”徐锡麟立即狂笑起来：“那么说起来，恩铭是死了！我于愿足矣。明天就是千刀万剐，也在所不惜！何况区区一副心肝呢？”
再问同党有哪些，徐锡麟回答：“革命党人多得很，惟安庆是我一人。”
审讯者要徐锡麟写供词。他提笔疾书，立刻写了数千言，写完后自己诵读一遍，然后又推敲修改，仿佛是在书房中著述。他的供词，满纸写的都是“杀尽贪官”、“推翻清廷”、“恢复中华”内容。
审讯完毕，只听“咔”的一声，敌人给这个要犯拍了一张照片。徐锡麟不满地说：“脸上没有笑容，怎么留给后代？再拍一张。”
徐锡麟那张面无表情、薄衣裹体的照片一直留到今天。
徐锡麟刺恩铭发生后，安庆人心惶惶，消息更如长了翅膀，飞向各地。外表庞然的清帝国在震颤。处死徐锡麟、安定人心是越快越好了。
干掉了朝廷重臣这样的大罪，怎么行刑？有先例可循。1870年张汶祥为朋友报仇，刺死了发迹后霸占当年朋友妻子、并设计害死朋友的两江总督马新贻，张汶祥受的是剖挖心脏之刑。
恩铭的妻子、也就是庆亲王奕劻的女儿要求按此旧例执行才解恨、才有警示作用。冯煦等请示两江总督端方，决定按此执行。
行刑如此惨烈。1907年7月6日夜，在安庆抚院东辕门外刑场，几个刽子手手执铁锤，先把徐锡麟睾丸砸烂。这份痛楚，无可比拟，想必看到这里的男同胞都在下意识地夹紧双腿。一个即将被扫进历史垃圾堆的反动力量，在末日之前总有百倍的野蛮。
砸碎睾丸后，剖腹取出心脏。挖出的心脏先祭祀恩铭的“在天之灵”，然后，恩铭的卫兵们将这颗心脏炒熟下酒。他们对徐锡麟怀有的是“真诚”的痛恨：“大人待你那么好，你竟然杀他，我们要看看你到底长的是什么心肝？！”
在中国，先行者历来就是这么孤独。
约定19日起事的秋瑾，被徐锡麟之弟徐伟的供词牵连出。其实在10日，她就得到徐锡麟安庆起义失败的消息，但她拒绝了要她离开绍兴的一切劝告，表示“革命要流血才会成功”，她遣散众人，毅然留守大通学堂。14日下午，清军包围大通学堂，秋瑾被捕。她坚不吐供，只写下一句诗以对，这句诗就是著名的“秋风秋雨愁煞人”。
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