此时首辅最难做，他不能和皇帝对着干，但如果不为这位直臣求情，传出去后将惹起物议纷纷。于是他想出一个折衷的办法，说：“这个奏章不能发到外廷，否则的话外人信以为真。愿陛下对雒宽容，臣等传谕大理寺卿，让雒于仁辞职算了。”万历帝表示同意。不久雒于仁借病辞职。
首辅大臣这个和稀泥的办法，引起后人的责备，因为如此开了个恶劣的先例。在此之前，无论上疏内容如何狂悖，皇帝如何生气，但奏折的内容必须发给台谏官员讨论，那么公道自在人心，这对皇帝也是个约束。而从此后，皇帝将奏折留中，无限期扣押下来不予处理成为惯例。
朝廷多的是雒于仁这样的臣子，当皇帝的再怎样重处，还有人跟着后来提意见，如果动辄生气那就有生不完的气，渐渐地万历帝修炼出了油盐不进的脾气。
明末清初的张怡在《玉光剑气集》中记载：万历帝当皇帝年岁多了以后，习知人情。每见到台省上来的条陈，看两眼就说“这是老套子！”即使有臣子直言指责，全不动怒，很平静地说：“这不过想沽名钓誉罢了。”许多文臣叹服皇帝的宽宏大量，而吏部尚书宋纁听到后大为揪心地说：对时事得失，言官做过激的评论，正要皇帝动心。宁愿皇帝对言官动怒，毕竟说明皇帝还有儆省。若一概置之不理，就如痿痹的疾病，全无痛痒，无药可医。
这位宋尚书很有先见之明，他说这番话，大约是雒于仁骂皇帝以后两年的事情。万历帝到了晚年，再来几个雒于仁这样的奏疏，也惹不怒他了，皇帝和他统治的帝国，真的得了无药可医的癌症。
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