另一个就是有关日本战争赔偿问题。关于这一问题，中国政府在不承认日台条约时已强调指出：“日本军国主义者杀害了上千万中国人，使中国蒙受数百亿美元的公共财产和私人财产的损失。中国拥有要求赔偿这些损失的权利”。这就意味着日本对中国的赔偿数额将相当大。日本既然避免不了这一问题，便转而指望中国能有转圜余地。
为了探摸中国的态度，预先就双方的争执点达成谅解，需要一个从中穿针引线的人。当时日本公明党委员长、正在访华的竹入义胜充当了这个重要的角色。1975年竹入义胜在他的回忆录中记述了他于1972年7月25日与中国方面会晤的细节：
“我把我们的意见全说了，共有十几条，并告诉他们，如果你们赞成这些意见，事情就好办了。…… 周恩来最后问我，假如我们接受你们的建议，日本政府会采取行动吗？于是，我就从北京打电话给田中先生，请他作出决断。田中回答‘行’，很干脆。最后一次拜会周恩来总理的时候，周恩来拿出一份打印文件并对我说‘这基本上是我们关于日中联合声明的原始方案。’我很吃惊，内容和后来的日中联合声明差不太多。”竹入义胜的活动为中日邦交谈判打下了基础。
关于日本战争赔偿的问题，在中方草案第七条这样写着：“为了中日两国人民的友谊，中华人民共和国政府放弃对日本国要求战争赔偿的权利。”但是在日后中日联合声明的正文中行文有了个别改动，去掉了“权利”二字换上了“要求”。
日方代表“口出狂言”周恩来谴责
外交文件上的一字之差，往往掩盖着谈判桌上的翻云覆雨，唇枪舌剑。在中方放弃赔偿的问题上，中日双方果然有一场短兵相接的较量。
1972年9月26日，田中首相抵达北京的第二天，中日两国在人民大会堂举行第一轮外长谈判，但会谈一开始就遇到了困难。
日方条约局长高岛死抠条文，把“日台条约”作为依据，认为在联合声明中不需要写入“结束战争状态”和“中国放弃赔偿要求”。因为根据1952年日本与台湾缔结的和约，日本战争赔偿问题已经解决，因而不存在中国放弃什么赔偿权利的问题。会谈因此不欢而散。
下午2时许，周恩来和田中角荣举行第二轮会谈，周恩来与前一天判若两人，以严厉的口气谴责了日本的态度。他说：“听了今天上午外长会谈的汇报。高岛条约局长是破坏日中邦交关系正常化来的吧。日中邦交正常化是个政治问题，不是法律问题。高岛局长是搞讼棍那一套嘛！我不认为高岛局长的意见是田中首相和大平外相的本意。”
同时周恩来对中日赔偿问题再次重申不承认台湾的允诺，他指出：“当时蒋介石已逃到台湾，他是在缔结旧金山和约后才签订日台条约，表示所谓放弃赔偿要求的。那时他已不能代表全中国，是慷他人之慨。遭受战争损失的主要是在大陆上。我们是从两国人民的友好关系出发，不想使日本人民因赔偿负担而受苦，所以放弃了赔偿的要求。”“毛主席主张不要日本人民负担赔款，我向日本朋友传达，而你们的条约局长高岛先生反过来不领情，说蒋介石已说过不要赔款，这个话是对我们的侮辱，我们绝对不能接受。我们经过五十年革命，蒋介石早已被中国人民所推翻。高岛先生的说话不符合你们两位的精神。”
第二天，中日联合声明起草小组再次开会，高岛一上来便对他上次的言行表示道歉，声言日本国民对中国放弃战争赔款的要求深为感动。至此，由于战争赔偿问题引起的风波方才平息下去。不过中方体谅到日本方面的难处，同意将声明中有关赔偿的“权利”一词换为“要求”。
1972年9月29日上午10时20分，中日两国代表在人民大会堂签署了中日邦交正常化的联合声明。声明第七条写道：
“中华人民共和国政府宣布：为了中日两国人民的友好关系，放弃对日本国的战争赔偿要求。”
至此，中日两国间悬而未决长达27年之久的赔偿问题，以中国政府的放弃而划上了句号。
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