从内部来看，南明在皇位继统和大政方针等方面都错误连连，最终自取灭亡。
在皇位继统方面，南明比之东晋和南宋，可谓先天不足，首先就输了一着。东晋第一个皇帝元帝司马睿原是琅琊王，封地在山东，靠近江南，西晋彻底覆灭前就在建康（今南京）培植势力，拉笼各方，并被西晋最后一个皇帝愍帝司马邺任命为丞相、大都督中外诸军事，因而西晋灭亡后他继承皇位可谓顺理成章。而南宋第一个皇帝高宗赵构，则是在金兵围困东京时，由北宋最后一个皇帝钦宗赵桓亲写密信，派人送出围城宣读任命的天下兵马大元帅，其在徽、钦二帝被俘往金国后登极继位，自然也是名至实归。而南明第一个皇帝朱由崧却是在群臣的钩心斗角中勉强登上皇位的。朱由崧原是福王，封地在河南洛阳，为躲避李自成军而逃到江南。在当时避居江南的明朝藩王中，朱由崧与崇祯皇帝血统最近，又居于当时做为江南政治中心的南京附近的淮安，在伦序和地理上都处于明显的有理地位，理当继承明统。但是，在当时的江南，东林党人的势力颇盛，而朱由崧的祖母正是万历朝时备受明神宗朱翊钧宠爱的郑贵妃，当年就是由于东林党人的极力反对，神宗和郑贵妃立朱由崧的父亲朱常洵为太子的图谋才没能实现。东林党人担心朱由崧登极后对自己不利，因而极力反对拥立福王。而当时居于举足轻重地位的南京兵部尚书史可法优柔寡断，依违其间，导致朱由崧暗中勾结手握兵权的总兵高杰、黄得功、刘良佐和凤阳总督马士英突然发难，宣布拥立福王。没有掌握一兵一卒的史可法和东林党人只得违心同意，迎立福王朱由崧。这一波折，不光导致了较有眼光和能力的史可法在朝廷中失势，而且引发了弘光朝臣中东林党人和拥立福王有功一派之间的互相攻讦，党争频繁，而有“拥立之功”的武将们也挟兵自重，不听调遣，从而使弘光朝没能形成团结一致，共赴国难的局面，更谈不上抵御清军，收复失地了。
在大政方针方面，弘光朝采取株守江南的政策，最终导致了覆灭。当时，清军忙于在北方平定李自成的大顺军和各地抗清势力，无暇南顾，河南、山东一带清朝力量极为薄弱，对南明来说大有可为。如果弘光朝派军抵进到黄河一线，即便不能北上驱逐清廷，也能对江南形成屏障，使清军不能顺利南下江南，偏安之局庶几可得。史可法在给弘光帝的奏疏中就指出：“昔晋之东也，其君臣日图中原，而仅保江左；宋之南也，其君臣尽力楚、蜀，而仅保临安。盖偏安者，恢复之退步，未有志在偏安而遽能自立者也。”不少有远见的朝臣也建议派兵恢复河南、山东，并联合农民起义军，共同抗击清军。但弘光帝和朝廷实权人物却见不及此，他们对清军畏之如虎，怕北上会激怒清廷，同时又不愿放弃对农民起义军的敌视，希望借清军之力“复仇”，因而满足于眼前的“偏安”，只派兵驻防安徽和江苏北部一带，任凭山东、河南在一段时期内处于政权真空状态，坐观清廷消灭李自成的大顺军，镇压北方反清起义。清廷得以巩固自己在黄河以北的统治，之后能够毫无后顾之忧地倾全力南下。弘光朝只存在了短短的一年就垮了台，实属咎由自取；而江南富庶之地的迅速失陷，使抗清复明的实力大大减弱，后来两个南明朝廷被清军驱赶压制在浙江、福建、两广沿海和云南、贵州边鄙之地，只能汲汲于自身的生存，根本没有余力收复江南，更谈不上偏安之局了。反观东晋之初，积极派兵北上收复失地；南宋之初，派高级官员到河南河北联络收编抗金起义军，骚扰金国腹地，又派岳飞率军收复鄂北重镇襄阳，从侧翼威胁南下金军，从而有力地拱卫了东南之地。两相比较，南明弘光朝的识短见拙真是昭然若显。
当然，影响明清之交局势发展的因素还有很多，比如满清廷采取笼络明朝士绅和“以汉制汉”的政策，在一定程度上削弱了抗清势力；明末许多官员腐败自私，毫无气节，甘于为清廷作“伥”；各地抗清势力不相联系配合，各自为战，被清军各个击破；南明内部文臣武将目光短浅，常常争权夺利，内耗不断；等等。但最主要的因素还是上面所述外、内原因，而其中最根本的就是弘光朝“以偏安保偏安”的方针政策的错误。十七世纪中期的中国没有出现又一次南北朝的局面，南明没能成为东晋、南宋，这个历史结果正是由南明自身、主要是弘光朝君臣造成的。
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