1935年8月20日，他向蒋介石呈送了《总顾问法肯豪森关于应付时局对策之建议》，分析道：“目前威胁中国最严重而最切近者当属日本。日本对中国之情知之极悉。其利害适与中国相反，故必用尽各种方法，破坏中国内部之团结与图强，至少设法延期其实现。”
法肯豪森并明确指出，国际上对于日本侵略行径“一时无联合或单独干涉之可能。华盛顿九国之公约实际早已成废纸。中国苟不自卫，无人能出面拔刀相助”，认为“日方苟遇真实抵抗，则局势迥异”，“万不可不战而弃寸土”。中国唯一能做的，就是丢掉幻想，“竭尽全力，为保全国土而奋斗”。
《建议》针对日军的进攻方向和战略部署，提出了中国方面的作战方案，不仅为国民政府应付华北危机提出了对策，也为尔后的长期抗战拟订了总蓝图。建议书中提到的“持久抗战”、以四川作为抗日的“最后防地”的两大设想，为后人称许。
法肯豪森很了解,以当时中国的工业能力、财力与官兵素质，要建立真正德国标准的陆军是有困难的，中国的“国军60个师的整军计划”只能算是具备现代陆军初步的雏形，与真正现代化的标准有相当距离，故而法肯豪森认为国军应先成为“轻装快速部队”。
根据法肯豪森的整军备战建议，中国政府于1935年春在武汉行营设立陆军整理处，由陈诚任处长，总理整军事宜。
这是中国近现代第一次军政军令系统的大改造工程。截至1937年全面抗战爆发，中国接受德国顾问训练并有部分德式装备的军队已达30万人之众。整理处共调整了15个师，整理了24个师，此外还调整了东北军15个师、广东部队10个师、川康部队26个师及9个独立旅。通过这次整军，中国军队在质量上有了很大提高，尤其是中央系的30个师，基本实现了装备德式化，并接受德国顾问的系统训练，堪称中国近现代史上最现代化的陆军。
而在此期间，从1934年开始，大量的德制装备开始运到中国。1936年德国运交中国2300万马克军火，1937年德国运交中国8200万马克军火。
透过这些努力与建设，国民政府在不到十年间，于长江流域初步整建起国防工业与新式陆军，为日后爆发的中日大战奠下了一个能持久抗战的军事基础。
法肯豪森还积极参与指挥了中国的初期抗战。抗日战争全面爆发后，法肯豪森到保定前敌总指挥部视察战事。全部使用德式装备和经由德国军事顾问训练的87师、88师、36师等军队参与了淞沪会战，各师都有德国顾问随军参与作战计划的拟定和指挥。法肯豪森也亲自在上海前线指挥作战，直到会战结束才离开上海。淞沪一战，彻底粉碎了日军“三月亡华”的妄念，伦敦海外通讯社当时报道说：“……（上海）十周之英勇抵抗，已足造成中国堪称军事国家的荣誉，此乃前所未闻者”。而由于德式中国军队的英勇表现，日本和一些西方人对淞沪会战甚至直呼为“德国战争”。
台儿庄战役时，法肯豪森也参与了战场指挥。他将台儿庄战役与德军统帅兴登堡在1914年秘密包围俄国军队的塔恩堡战役相提并论，并为战役后中国军队未能按他的计划乘胜追击而懊恼。在签订《淞沪停战协定》之后，为防止日本从淞沪地区进攻南京，法肯豪森又到镇海、乍浦、江阴、镇江、连云港等地视察，制定了一套江阴、镇江和南京江防的计划，并协助张治中在苏州和嘉兴之间建立一道坚固防线——中国的“兴登堡防线”。
可惜在中德关系急转直下之后，法肯豪森不得不挥泪回国。回国之初，他拒绝接受任何工作，免费当起了中国的抗战宣传员。二战结束后，他不断给蒋介石去信，无偿给蒋提供军事情报和政策咨询。他还一度出任过德中文化协会会长。1966年，法肯豪森在德国塞纳河畔的厄姆斯村逝世。
蒋介石和他的德国顾问们
其实在法肯豪森之前，历任德国顾问都在中德贸易，帮助当时的中国政府整军建军、采购军火、推动军事现代化、工业现代化等方面做了大量工作。
1928年底开始，直至1938年中德关系恶化的十年中，蒋介石先后聘请了以马格斯·鲍尔、乔治·佛采尔、汉斯·冯·塞克特和亚力山大·冯·法肯豪森为总顾问的四任德国军事顾问团。
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