在1869年刊行的《名将言行录》中，记载着武田信玄当时为何下令斩掉加藤的理由：“那种异乎寻常的功夫，将来很可能成为葬送武田家的武器，现在除掉比较安全。”
这便是忍者命运的最好解释。加藤段藏就是因为没有认清忍者的命运，才会这样死去。领主是不会允许优秀的忍者存在于身边的，却希望忍者能够更优秀，更好更多地完成各种任务。这是矛盾的，然而这又是必然的。忍者高超的技艺、坚韧的毅力以及超乎常人的精神，
使得其成为每一个大名潜在的威胁。
忍者是一柄双刃剑，没有人可以掌握。
事实也证明，优秀的忍者往往会悲惨地死去。由于忍者在暗处，武士在明处。因此武士对忍者极度仇恨，一旦逮到，便会用尽办法折磨忍者。所以许多忍者宁可自杀也不愿让武士逮捕到自己。为了保密，在死之前还要将自己毁容。
集团制的忍者通常只会保守雇主的秘密，而并不会效忠某位大名。在这方面，风魔小太郎所领导的风魔一族是一个另类。然而风魔小太郎并非严格意义上的忍者。因此，可以认为，集团化的忍者是以雇佣兵的身份存在的。
至于那些不幸被逮捕的忍者，等待他们的往往是极其残忍的处罚。
石川五右卫门（？～1594），以畿内为中心的盗贼团头子、忍者。文禄3年（1594年），他潜入丰臣秀吉的房间，想要偷窃有名的“千鸟之香炉”，然而不幸被捕。在面对丰臣的审问时，他破口大骂，说道“我不过是偷窃财宝罢了，而你丰臣秀吉却是偷窃天下的大盗。”后来在京都三条河受刑之前，仍大骂丰臣秀吉，之后跳入沸腾的油锅中死去。
这仅仅是丰臣秀吉与忍者的直接接触之一。在他夺取大权之后，有无数忍者——其中一些是自由的忍者——试图刺杀他，却总是因为技艺不高超而失败。事实上，像丰臣秀吉这样的大人物总是很小心地防着忍者的。天正十二年六月，幻术高超极至的果心居士就是因为在丰臣秀吉面前玩弄幻术而死的。这样的忍者实在是太多了。他们许多都没有留下姓名。他们中的许多人，或者成功刺杀了一个大名，或者自己被大名杀死。而被忍者杀死的大名也实在太多了。
事实上，在进入江户时代后，集团化的忍者便基本瓦解。剩下的忍者，或是被杀，或是作为杂耍艺人在宴会时展露几下幻术。再无往日的辉煌。
可以说在乱世的战国中，相对来说，忍者的力量很微弱，根本不足以抗衡那些大名。然而忍者就是那很关键的影响历史的一个因素。如同老鼠杀死大象一样。他们是那致命的一击……
进入江户时代后，由于长期的和平，忍者逐渐失去了活动的空间。1637年“岛原之乱”是有文字记载的忍者的最后活动。1676年，藤林保武结合中国和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者权威著作《万川集海》。之后，忍者便消失在了时光中，如同他们消失在寒冷的夜中一样……可无论如何，他们在历史中，也曾经是一颗短暂却耀眼的流星。虽然逝去，却仍在某个角落，静静地绽放光芒……
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