元世祖忽必烈视高丽为元朝的属国和进攻日本的跳板。至元五年（1268年）夏，忽必烈责令高丽新国王在高丽制造可载4千石的海船1千艘，以备元军攻打日本或南宋之需。元朝对高丽的控制和榨取，使高丽朝野极为不满。1269年八月，林衍废其王。同年十月，忽必烈派头辇哥率大兵压境；封在京朝觐之高丽王世子为特进、上柱国，并派兵护送他回国平乱；同时派兵部侍郎里德一行出使高丽，限期高丽林衍等来京陈情，听候决断。在元朝三慑之下，高丽都统领崔坦、李延龄等以西京（今平壤）50余城归降。高丽国王复其位，并亲自朝见忽必烈。
至元七年（1270年）正月，忽必烈将高丽西京改为为东宁府（后升东宁路），划归元朝辽阳行省。同时派头辇哥率领军队护送高丽国王父子回国，委任脱脱朵儿、焦天翼为高丽达鲁花赤（督官）。同年春，元军兵临王京（今开城）城下。此时，林衍已死，其党三别杪军首领裴仲孙等拥立王室庶族承化侯王温，退守珍岛（今南金罗道）坚持抗元。
1271年五月，元将领忻都率兵攻占珍岛，王温等被杀。金通精退往耽罗（今济州岛）。1273年四月，忻都攻占耽罗，捉拿了金通精等人。元朝遂设耽罗国诏讨司，屯兵驻守。
1274年五月，忽必烈将女儿忽都鲁洁丽米斯嫁给高丽王子，六月，高丽老王逝世，王子继位。翌年，应忽必烈要求，高丽新国王改变了所有与元朝相类似的省、院、台、部等官职名称，派遣20名贵族子弟前来"入侍"元朝。
至元十七年（1280年）夏，元朝在高丽创设驿站，加封高丽王储为开府仪同三司和行省左丞相。第二年，元朝在高丽征发军士、水手25，000人，战船900艘，参加侵日战争。高丽民众不堪其扰。至元十九年（1282年），日本侵扰高丽沿海，在高丽国王请求下，元军驻防金州。第二年，元朝正式在高丽设置征东行中书省，以高丽王与元军将领阿塔海共领行省事（《元史》卷208《高丽传》）。至元二十一年（1284年），忽必烈将耽罗划归高丽。直至元末，高丽的内政与外交均受到元朝的控制。
二战跨海征讨小日本，残败而回
元世祖忽必烈早就有使日本臣服之心。5次通使不成，忽必烈决心使用武力。其实早在1270年，忽必烈就曾下令在高丽屯田，储备攻日粮饷。1274年，忽必烈命令屯戍高丽的凤州经略使忻都、高丽军民总管洪茶丘率兵15，000人，大小战船900艘出征日本。后又设立征东元帅府，以忻都、洪茶丘为都、副元帅，军队增加到25，000人。十月，元军从合浦（今朝鲜马山）出发，直捣日本。日本天皇征集藩属兵10万余人迎战。元军攻占对马、一岐两岛，在肥前松浦郡、筑前博多湾（今福冈附近）登陆。但在日军坚决抵抗下，首战只获小胜，未能深入。不久，因台风将大部分战船毁坏，加上已兵疲箭尽，元军只得仓促撤回。因该年是日本龟山天皇文永十一年，故这场战役在日本史上被称为"文永之役"。
1275年二月，忽必烈派礼部侍郎杜世忠等出使日本。杜世忠等一到日本，就被镰仓幕府处死。这一消息直到1280年才传到元朝。于是，忽必烈决心再次征讨日本。是年下半年，元朝征调军队（包括结集南宋新附军），成立征东行省（亦称日本行省）主持征伐大计。
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