1981年，沙龙出任以色列国防部长。上任后仅仅3个月，沙龙即下令制定入侵黎巴嫩的“大波罗行动计划”，决心一劳永逸地消灭巴勒斯坦解放组织，并歼灭驻扎在黎巴嫩的叙利亚部队。他亲自化装潜入黎巴嫩，走遍了贝鲁特的大街小巷。一个国家的国防部长竟在战前潜入敌方的首都进行侦察，这在人类的战争史上堪称空前绝后。可这就是沙龙。
1982年6月6日，以色列军队悍然入侵黎巴嫩。沙龙亲赴前线，指挥装甲纵队多路齐发，如入无人之境，以闪电般的速度对贝鲁特形成合围。安扎在贝卡谷地的叙利亚重兵集团，挺身而出，阻挡以军的推进，结果一场坦克大战，叙军坦克被击毁400多辆，而以军只损失了约40多辆坦克。空战结果更是让人瞠目结舌，叙军被击落的飞机达100多架，花费20多亿美元建立起的“萨姆”防空导弹群，两天时间就被炸成一堆废铜烂铁，而以军执行空战任务的飞机只有1架被击落，贝卡谷地之战成为了现代战争史上的经典之作。
可沙龙没想到的是，他的无敌军团能够击败任何现代化装备的对手，却在装备低劣的巴勒斯坦解放组织战士面前无计可施。以军将设在贝鲁特的巴解组织总部四面包围，狂轰滥炸，沙龙发出最后通牒，要阿拉法特立即投降。阿拉法特则向战士们发出命令：“我感到天国之风在吹拂，誓死抵抗。”沙龙气急败坏，叫来美国特使哈比卜，吼道：“这些巴勒斯坦人究竟是什么人？我向他们用尽了我所拥有的一切，可他们居然不逃跑。告诉阿拉法特，我剩下的只有原子弹了！”阿拉法特闻言，平静地回答：“告诉愚蠢的沙龙，扔他的原子弹吧，这就是阿拉法特的回答！”最后，在美国的调停下，巴解组织为保存力量，将部队撤出了贝鲁特。
沙龙没有想到自己精心导演的这场战争会以这样的结局收场，他把一腔邪火全部发泄到平民身上。9月16日，在沙龙的默许下，以色列的黎巴嫩长枪党民兵血洗夏蒂拉和萨布拉两个巴勒斯坦难民营，1000多名无辜平民惨遭杀害。
惨案震惊了世界，联合国大会举行了追悼仪式，所有成员国均下半旗致哀，以色列国内30多万群众举行大规模抗议活动，打出了“沙龙=杀人凶手”的标语。沙龙本想以一个辉煌的惊叹号结束自己的军旅生涯，结果却在一片责骂声中辞去国防部长职务。
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