南宋进一步改革，1135年开始由皇帝亲自“廷试”，合格的都赐予武进士，授予武官衔“保义郎”、“承节郎”等名目。但实授的职务往往并非军官。1166年武举进士也痹徽文科，有第一、二、三名的排名。以后又规定参加廷试的都必须由各地方长官先行选拔，作为“武举人”保送朝廷。这样以来，武科举体系与文科举体系基本相同。1177年明确武科状元之称，状元愿意从军，授予正将之职，第二、三名副将，第四、五名准备将。
武科举出身的大多不愿当军官
两宋正式建立武科举系列，但是在当时重文抑武的风气下，很多人只是为谋一当官出身而已，考取后不愿从军。因此两宋时期由武科举出身的名将极少。
较为著名一点的有北宋末年的何灌，他在武选登第后即为军官，在与辽朝边境地区任巡检，以善射闻名，号为“何巡检神箭”。后来在“靖康之变”时受命防守汴京，战死疆场。
另一个是同时期的徐徽言，在1108年应“求材武士”诏，“武举绝伦及第”。以后即担任武职，长期在河西地区为军官。1127年金朝攻破开封，而徐徽言率领本部军队坚守晋宁近两年，最后这座孤城被攻破时，徐徽言将防御器械全部烧毁，力战被俘，宁死不屈，被杀害。
两宋时即使是武状元，也并不一定担任军职，比如1235年武状元朱熠，起家是“阁门舍人，差知沅州”，担任了地方行政官，后来以担任监察御史敢于弹劾权臣而闻名。1260年升为“知枢密院事兼参知政事”，算是主管军事的副宰相级别，但仍然不算武官。不久也遭御史弹劾而罢官。
金朝也有武科举
武科举制度后来也被金朝继承。主要考试内容为骑射，要求挽1石力弓，射150步至210步远的靶；并且要求策马飞驰，在150步内接连用枪刺落4块靶子。此外也有书面考试，考兵法书。武举入仕，都授予巡尉之类的军职。
到金朝末年，世袭军官大多腐朽不堪一战时，武科举出身的军官在军队中曾有过很大作用。比如金末将领古里甲石伦，武举登第后以勇武异常，提升很快。并建议组编“义军”，“三十人为一谋克，五谋克为一千户，四千户为一万户，四万户为一副统，两副统为一都统，外设一总领提控”，以抵御蒙古军队。他长期在西北地区主持防务，最后兵败**。
另一个金末武举出身的将领纥石烈鹤寿，原来是世袭猛安，但却只是一名亲兵。中武举后才得以担任军官。当南宋与蒙古约定夹击金朝时，他负责防守金朝南部边境，在与南宋军队的战斗中多次获胜。最后战死。
明代武举制度
元朝科举制度兴废不常，也没有武科举制度。明朝建立后，设置武学、武科举。在京师以及卫所设置武学，训导军官子弟。凡10岁以上应承袭军职的子弟的应入学学习。教材为《武经七书》。地方青年可以通过考试获得武学学生资格，号为武生，与文科举生员（俗称秀才）相同。
武科举制度与文科举相仿，武生通过乡试（省级考试）成为武举人，可以到京师参加会试。会试内容曾规定，“先策略，后弓马”，策不中就不可试弓马。但以后改为三场考试，第一场试“马上箭”，射35步远的靶子；第二场试“步下箭”，80步的靶子；第三场才是笔试。每3年会试，录取进士定额为100人。
由于明朝武科举制度比较长久，武科举出身的军官相当多。比如明中期抗倭名将之一的俞大猷，就是武科举出身。他“少好读书”，学《易》又学剑。考中秀才后因家境穷困，在父亲死后，承袭了父亲“百户”世职。不过他并不甘心，1535年考中武进士，被授予“千户”军职，守御金门。他上书对海防提出建议，却被上级训斥：“小校安得上书？”被责打一顿后罢官。1542年蒙古俺答入侵山西，诏天下举武勇士。俞大猷向巡按御史自荐，得以上京，被送到宣大总督翟鹏处，他和翟鹏论兵，翟鹏几次被他说得下不了台，于是说：“我不应当把你看作武夫。”可是仍然没有用他。好在兵部尚书毛伯温欣赏他，在他回到家乡后任命他为汀漳守备，这位命运多蹇的武进士才真正成为一名带兵军官。以后他长期在东南沿海抗击倭寇，靠战功由都指挥佥事、参将，逐步升迁为备倭都指挥、总兵官。但仍然曾多次被降级、查办，甚至被判死刑、戴罪军前效力以赎死罪。
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